Tháng 5, tháng 6 cũng là mùa bắt đầu của mùa mưa bão; mưa bão gây ngập úng trên diện rộng rất dễ gây các bệnh truyền nhiễm như: tả, lỵ,...Vì vậy để chủ động phòng chống dịch bệnh Vệ sinh môi trường trong mùa mưa bão là biện pháp chủ động giúp cộng đồng ngăn ngừa bệnh dịch và tự bảo vệ sức khoẻ.

Ngay đầu mùa mưa, các gia đình cần kiểm tra giếng nước, nhà tiêu, nhà tắm, chuồng chăn nuôi gia súc, gia cầm. Phát hiện những chỗ hư hỏng, rò, dột, sụt, lún để kịp thời sửa chữa. Nạo vét, khơi thông cống rãnh nước thải để khi mưa to không bị tắc, không làm nhiễm bẩn đất và nguồn nước. Chuồng chăn nuôi gia cầm cần được vệ sinh, tẩy uế định kỳ theo hướng dẫn của cơ quan y tế, thú y nhằm bảo vệ môi trường, phòng chống dịch bệnh, nhất là phòng chống cúm A/H5N1 cho gia cầm và tránh lây nhiễm sang người. Phân gia súc, gia cầm cần được trộn vôi bột, ủ mục trước khi đem sử dụng. Xác động vật chết cần được thu gom, chôn sâu, cách xa nguồn nước, xa khu dân cư. Tuyệt  đối không vứt xuống các dòng sông, dòng suối, các bờ ao, bụi cây... Thu gom và xử lý thường xuyên các loại rác thải sinh hoạt bằng các cách: chôn, đốt, ủ mục làm phân bón... Bảo vệ nguồn nước từ giếng khơi, giếng khoan, bể chứa nước mưa... Kiểm tra các dụng cụ dự trữ nước sạch.

Khi có mưa lớn, hoặc lụt úng xảy ra trên địa bàn, cần giữ vệ sinh nơi ăn, chốn ở, sử dụng nguồn nước hợp vệ sinh (nếu có), hoặc dùng hoá chất để làm sạch nước. Thu gom và xử lý chất thải của người và gia súc, gia cầm. Không vứt rác, không thải phân người, phân động vật xuống vùng ngập nước.

Hết đợt úng lụt, cần khẩn trương kiểm tra, đánh giá tình trạng các công trình vệ sinh. Nước rút đến đâu vệ sinh nhà cửa, sân thềm, chuồng trại đến đó. Những giếng khơi bị ngập, hoặc bị thấm nước bẩn cần được hút cạn, thau rửa. Có thể dùng vôi hoặc hoá chất, viên Cloramin B để làm sạch giếng ăn. Bể và các dụng cụ chứa nước ăn cần được cọ rửa sạch sẽ, bổ  sung nước mới và đậy kín. Nhà tiêu, chuồng gia súc, gia cầm sau khi ngập nước phải được tẩy uế, sửa chữa, bảo đảm vệ sinh, tránh làm ô nhiễm nguồn nước, ô nhiễm đất, ô nhiễm nơi ở.

Thu gom rác thải, chôn xác súc vật xa nơi ở, xa nguồn nước. Những khu chăn nuôi, các trang trại lớn sau khi ngập úng cần được tẩy trùng bằng hoá chất hoặc vôi bột.